从高等教育质量保证体系中第三方评价的观点来看，认证评价制度在实施过程中，还存在着一些需要解决的问题。

　　第一，日本认证评价中的第三方评价目标是高等教育机构请求第三方确认其是否实现了办学目的。也就是说，明示与确认机构的“有效性”是认证评价本来的宗旨。不过在实际认证过程中，虽不能说评价仅停留在各自标准的确认方面，却在一定程度上忽略了认证评价的宗旨。

　　第二，高等教育的最大利益相关者及受益者是学生，可是学生对大学的自我检查与评价以及认证评价过程的参与极为有限，一般只不过是在实地访问调查时设定了对学生及毕业生的访谈而已，而学生如何参与也是有待思考的课题。

　　第三，大学可以自由选择认证评价机构的做法并不能真正改变或提升大学教育的质量。认证评价由于可以自由地从复数的评价机构中加以选择，就难免会发生当某个认证评价机构给予“保留”甚至“不适合”这一评价结果时，而选择别的认证评价机构接受审查。这种摇摆的关系当然不利于大学教育质量的提升。

　　四、日本的大学认证评价制度的特色

　　第一，日本的大学认证评价是依据大学评价标准开展的促使大学评价文化从事前规制转型到事后确认的评价。作为各机构认证评价的特色值得注意的就是，各机构在评价结果中分别指出并记录了被评价大学在各自大学活动中的“卓越点”及“要完善之处”，借此更有助于完善与提升大学教育研究活动的质量，从而体现了从事前规制转向事后确认的优势所在。

　　第二，日本的大学认证评价制度开展的是以大学教育活动为中心的评价，并力争促进大学的特色发展。为了培养与确保适应知识经济社会需要的人才，各认证评价机构都非常重视斟酌评价的国际发展趋势，在评价标准和评价方式的选择与制定上也都很重视对外国相关情况的调查与把握，开展以大学的教育研究活动为中心的综合性评价。另外，在开展认证评价判断时，为了充分发挥大学的个性与特色，在教育研究活动等方面，注重根据各大学所固有的“目的”加以推进，这就在一定程度上促进了大学的个性化发展。

　　第三，日本的大学认证评价制度是以自我评价为基础、以同行评价为中心的评价。为了确保评价的透明性、公正性及实效性，认证评价重视大学以评价机构明示的《大学评价标准》及《自我评价实施要领》为基础开展的自我评价。各机构开展的评价要分析大学开展的自我评价的结果，并据此结果加以实施。同时，在大学进行的教育研究活动的内容多数属于定性的内容，仅凭一些数据很难明示教育研究的成果。也正因此，为了适当地评价大学的教育研究活动等，认证评价是以对大学教育研究活动有充分理解的有识之士进行的同行评价为中心进行。

　　第四，日本的大学认证评价制度是透明性高、富于开放性且公正的评价。这主要表现在：评价实施者使用的《评价实施入门指南》是公开的，以便大学开展自我评价时使用；在对来自大学的各种各样的提问加以及时回答的同时，将其内容在网站公布，实现了信息共享；再者就是设置了意见申诉制